쥬라기 공원이 사고로 인해 폐쇄된지 4년여, 무언가 살아남은 것이 있었다. 과거 DNA 추출로 공룡을 부활시켰던 해먼드(John Hammond: 리차드 어텐보로 분)는 쥬라기 공원이 폐쇄된 후에도 그 섬에서 조금 떨어져있는 이슬라 소르나 섬의 B 구역이라는 공룡 생산 공장을 두고 생존해 있는 공룡들을 자연 그대로 인간의 손길이 닿지 않은 상태에서 관찰을 하고 있었다. 해먼드 박사가 속해있는 인젠사(INGEN)의 회장은 서식지에 대한 철저한 보고를 통해 공룡들에 대한 상황을 파악하면서, 이 B구역에 서식하고 있는 공룡들을 포획해 캘리포니아의 샌디애고에 제2의 쥬라기공원을 세울 계획을 하고 있었다.
